Již v roce 1738 švýcarský vědec Daniel Bernoulli změřil průtok vody metodou diferenciálního tlaku založenou na první Bernoulliho rovnici. Později italský vědec GB Venturi studoval použití Venturiho trubice k měření průtoku a své výsledky publikoval v roce 1791.
V roce 1886 vyvinul Američan Herschel Venturiho trubici v praktické měřící zařízení pro průtok vody.
Od počátku do poloviny 20. století původní principy měření postupně dozrávaly a lidé se již neomezovali na stávající metody, ale začali s novými výzkumy.
Ve 30. letech se objevily metody měření rychlosti proudění kapalin a plynů pomocí zvukových vln. Zatímco metody měření průtoku pomocí zvukových vln byly zkoumány, výrazně pokročily až ve druhé světové válce. Až v roce 1955 byl zaveden průtokoměr Maxson využívající akustickou cirkulační metodu pro měření průtoku leteckého paliva.
Od 60. let 20. století se měřicí přístroje začaly vyvíjet směrem k přesnosti a miniaturizaci.
S rychlým rozvojem technologie integrovaných obvodů se široce používají ultrazvukové průtokoměry s technologií fázového-zámku. Široká aplikace mikropočítačů dále zlepšila schopnost měření průtoku. Například laserové Dopplerovy velocimetry mohou po vybavení mikropočítači zpracovávat složitější signály.